主要分布于亚洲，中国大鲵除新疆、西藏、内蒙、台湾未见报道外，其余省区都有分布，主要产于 长江、 黄河及珠江中上游支流的山涧溪流中。
中国大鲵原产地自然分布主要集中在中国的五大区域 ：一是湖南 张家界、 江永、 岳阳和湘西自治州福建武夷山；二是湖北 房县、 神农架， 麻城 龟峰山， 罗田天堂寨；三是陕西汉中、 安康、 商洛；四是贵州遵义地区及铜仁地区和四川 宜宾、 兴文、威远葫芦口、巴中南江等地；五是江西 靖安。其他零星分布于湖北鹤峰、 利川、 恩施，广西柳州、 玉林，甘肃天水及文县，河南栾川县， 卢氏县、 蒿县，南阳内乡宝天曼，山西垣曲县、 阳城、 沁水县，浙江庆元， 贵州黔东南，在 潮州凤凰山 天池，其中靖安县是从上世纪七十年代开始在全国第一个发布公告保护大鲵，到设立全国第一个大鲵自然保护区，建立全国第一个县娃娃鱼研究所，2001年，将大鲵定为县吉祥物。靖安县大鲵人工繁养技术成果全国领先，通过中国科学院有关专家鉴定，具备大规模开发利用大鲵的技术条件。2005年8月，被中国水产加工与流通协会授予“中国娃娃鱼之乡”称号。
中国大鲵的野生资源。有人估计全国总的蓄积量为5万尾，真正的野生大鲵仍在大自然中可能未达到5万尾，当然比较切合实际的数有待于深入的调查研究来评估；大鲵的人工繁殖全国每年繁殖量，有人报道为10万尾，人工繁育已经突破160万尾。据统计，大鲵自然资源蕴藏量约为9万尾，以丘陵山区资源量为多，在经济发达地区由于工业污染的加剧，资源更显不足。四川巴中市南江县的 大巴山区，山高林密，大巴山并且没有工业污染，是大鲵生存的最佳环境。
阴阳平衡