本病可广泛累及胃肠道，可从咽至直肠，其中以胃和小肠受累最为常见，肝脏、大网膜等处亦可受到侵犯。镜下可见大量嗜酸性粒细胞浸润，可以聚积成堆，可累及为粘膜和粘膜下层，也可以某一层受累为主，最常见为粘膜和粘膜下层，其次为肌层，浆膜层最少见。
Ⅰ型(嗜酸性胃肠炎) 为胃肠炎的特性类型。纤维胃镜检查，弥漫型为粘膜充血、水肿、增厚，偶见表浅溃疡糜烂，胃部病变酷似一般浅表性胃炎，活检证实有大量嗜酸细胞浸润。肠道病变多为弥漫型，受累肠壁水肿、增厚、浆膜面失去光泽，有纤维素渗出物覆盖。单肠性表一同多为胃或小肠的某一脏器病变。局限性者病变局限，发生于胃部者，病变往往在胃幽门或胃窦部。多肠性者，胃、十二指肠、小肠等处均有病变，往往为广泛性、非延续性病变。
Kleim根据嗜酸性细胞浸润程度，将病变分为3种：
1.粘膜病变突出型 以粘膜浸润为主。有粘膜水肿、溃疡。并因之导致失血、缺铁、吸收不良及低蛋白等。
2.肌层病变突出型 以肌层浸润为主。胃肠壁呈结节状增厚，并向胃肠内凸出，导致幽门或肠道的狭窄与梗阻。临床上需与Ⅱ型(嗜酸性肉芽肿)鉴别。
3.浆膜病变突出型 以浆膜浸润为主。浆膜增厚、水肿，往往有肠系膜淋巴结受累。多有嗜酸性(或嗜酸粒细胞)腹水。
Ⅱ型(嗜酸性肉芽肿)本型少见。可在粘膜下形成单发或多发性肿物，往往出现幽门梗阻。以胃部(胃窦部)最为多见。且向周围扩展生长，侵及回肠、结肠处。为坚实或橡皮样息肉状肿块、无蒂或有蒂凸入腔内，表面光滑，有粘膜覆盖。 [1]
阴阳平衡