1、果实含番木瓜碱(Carpaine)、木瓜蛋白酶(Pa-Pain)、凝乳酶(Rennin);在淡黄色的果实中含隐黄素(Cryptoxanthin)、蝴蝶梅黄素(Violaxanthin)、β-胡萝卜素(β-Carotene)、δ-胡萝卜素和隐黄素环氧化物(Crypto-xanthinmonoepoxide)等色素;在红色的果实中尚含番茄烃(Lycopene)。
2、种子含异硫氰酸节酯(Benzylisothio-cyanate)、番木瓜甙(CarPoside)。
3、果实含糖类(其中有蔗糖、转化糖等),大量果胶,少量酒石酸、苹果酸,多种维生素如B1、B2、C、菸酸,多种胡萝卜素类化合物如隐黄质(kryptoxanthin)、β-胡萝卜(β-carotene),以及多种酶。
4、果实的乳汁及种子含微量番木瓜碱(carpaine)。种子尚含旱金莲甙(glucotropaeolin),经酶水解产生苄基异硫氰酸酯(benzylisothiocyanate),加氨处理得番木瓜胺(carpasemine)约0.35%;另含脂肪油约25%。