1、黄芩：根呈圆锥形，多扭曲，长5-25cm，直径1-3cm。表面棕黄色或深黄色，粗糙，有明显的纵向皱纹或不规则网纹，具侧根残痕，顶端有茎痕或残留茎基。质硬而脆，易折断，断面黄色，中间红棕色，老根木部枯朽，棕黑色或中空者称“枯芩”。气微，味苦。 以条长、质坚实、色黄者为佳。
2、滇黄芩：根茎横生或斜生，粗1cm以上。根呈圆锥形的不规则条状，常有分枝，长5-20cm，直径1-1.6cm。表面黄褐色或棕黄色，常有粗糙的栓皮，有皱纹。下端有支根痕，断面纤维状，鲜黄色或微带绿色。
3、粘毛黄芩：根多细长，圆锥形或圆柱形，长7-15cm，直径0.5-1.5cm。表面与黄芩相似，很少中空或腐朽。
4、丽江黄芩：根呈圆柱形，有分枝，长8-20cm，直径0.2-0.5.cm。表面黄棕色，断面黄色，老根中间显暗褐色，枯朽。
根横切面
1、黄芩：木栓层多除去或残存数列，细胞多呈扁平状，偶见单个石细胞散在。栓内层狭窄。韧皮部较宽广，约占根直径的1/3，有多数韧皮纤维与石细胞，石细胞的分布于外侧，韧皮纤维多分布于内侧。韧皮射线宽阔，为10-25列整齐的细胞。形成层多成环。木质部约占根直径的2/3，木质部束6-10，木射线宽广耐平直，7-25列薄壁细胞，导管直径16-60μm。老根中央有一至数个同心排列的木栓环。本品薄壁细胞含淀粉粒，圆形、椭圆形和不规则形，长径4-32μm，短径4-24μm，层纹不易见。脐点呈点状或“人”字形，有的不明显，大多数为单粒，复粒较少，由2-3分粒组成。
2、滇黄芩：木栓层为6-9列细胞。韧皮部约占根的1/4，有纤维散在，偶见大、小悬殊的石细胞，石细胞方形，不规则形。形成层不明显。木质部束8-13，木射线8-18列薄壁细胞。导管直径28-44μm。中央无木栓环。淀粉粒直径2-12μm，脐点未见，无层纹。
3、粘毛黄芩 木栓层为5-8列细胞。韧皮部约占根直径的1-3，级纤维散在，偶见极小石细胞。形成层明显。木质部束7-13，木射线7-21列薄壁细胞，导管直径40-80μm。中央有木栓层环，外侧有石细胞散在。淀粉粒直径2-12μm，脐点“一”字形、“人”字形，无层纹。
4、丽江黄芩：木栓层为6-9列细胞。韧皮部约占根直径的1/3，无石细胞和纤维。木质部束9-10，木射线8-19列薄壁细胞，导管直径20-40μm，中央无木栓环。演粉粒多数，圆形，直径4-10μm，脐点未见，无层纹。
深黄色
1、韧皮纤维微黄色，梭形，两端尖或钝圆，长51-200（-270）μm，直径9-33μm，壁甚厚，木化，孔沟明显。
2、石细胞类方形、类圆形、椭圆形、类三角形、类多角形、纹锤形或不规则形，直径24-48μm，长85-160μ ，壁厚至24μ；偶见黄棕色石细胞，类圆形，直径约66μm。
3、纺锤形木薄壁细胞常伴于导管旁，壁稍厚，非木化，细胞中部有菲薄横隔。
4、韧皮薄壁细胞纺锤形或长圆形，壁有时呈连珠状增厚。
5、网纹、具缘纹孔导管直径约至72μ，导管分子较短，端壁倾斜，常延长成尾状；有时呈扭曲状。
6、木纤纤维细长，壁稍厚，具斜纹孔或具缘纹孔。另有淀粉粒，木栓细胞。
黄芩、黄连、黄柏均为清热燥湿药，均能清泄邪热，燥化湿浊，兼具解毒功能。然黄芩善除上焦湿热，主清肺火；并能清热安胎；黄连主治湿火郁结，主清心火；善清热安胎；黄连主治湿火郁结，主清心火，善解疔毒；黄柏主除下焦湿热，善泄肾经相火。
阴阳平衡